Fred Paccaud, directeur, supervise les activités de l'Institut et collabore avec chacun des cadres. Il maintient et développe les collaborations avec la Faculté de biologie et de médecine de Lausanne (FBM), le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) et le Service de la santé publique du canton de Vaud, ainsi qu'avec de nombreuses institutions suisses et étrangères. Il continue également son mandat de Président du Comité de direction du Programme national de recherche 69 « Alimentation saine et production alimentaire durable » du Fonds national suisse de la recherche scientifique.

Il a poursuivi sa collaboration avec les Facultés de médecine de l'Université de Montréal et de l'Université McGill, auprès desquelles il a rang de professeur associé. Il participe également à plusieurs groupes de travail en France, dont ceux du Conseil scientifique de la Caisse Nationale d’Assurance Maladie des Travailleurs Salariés et de l’Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique.

Entre août 2008 et juillet 2013, Fred Paccaud a dirigé la Swiss School of Public Health (SSPH), sise à Zürich. Depuis le 1er septembre 2013, il dirige l’Ecole romande de santé publique (ERSP), une institution voulue par une convention liant les Universités de Genève, Lausanne et Neuchâtel et conçue pour former l’un des pôles de la SSPH+. Il est membre du comité de direction de l’Association of the Schools of Public Health in the European Region (ASPHER).